Ortognatinis gydymas yra labai įvairus ir jo kainą apibendrinti sunku, nes kiekvienam pacientui yra sudaromas individualus gydymo planas.

Gydymas susideda iš trijų pagrindinių etapų:

1. Ortodontinis gydymas trunka 1.5-2 metus ir kainuoja apie 4000-8000 Lt. Ortodontinio gydymo ligonių kasos neapmoka.

2. Priešoperacinis paruošimas ir planavimas: veido kompiuterinis planavimas, sąkandžio ir veido planavimas ir simuliavimas, pagalbinių priemonių ir instrumentų gamyba, laboratorijų išlaidos ir išlaidos skaitmeninėms technologijoms. Šio etapo kaina priklauso nuo sąkandžio anomalijos sunkumo. Planavimo ir paruošimo išlaidų ligonių kasos neapmoka. Pacientams, turintiems medicinos draudimą, dalį išlaidų neretai sutinka apmokėti draudimo kompanijos.

3. Ortognatinė žandikaulių operacija. Visų stacionare atliktų  tyrimų kainą, operacijos ir medikamentinio gydymo išlaidas apmoka ligonių kasos, jei operacija atliekama valstybinėje įstaigoje, o pacientas yra socialiai draustas Lietuvos pilietis.

Šiuo metu populiarėjant medicininio draudimo paslaugoms, dalį gydymo išlaidų sutinka padengti draudimo kompanijos.